Как только Славен Билич пришел в «Бешикташ» летом 2013-го, он сразу же заявил руководству, что 10-й номер в его команде уже есть, и это – Мануэл Фернандеш. Очевидно, что хорватский специалист, мечтавший о приглашении игрока еще в «Локомотив», собирался сделать на него большую ставку, во многом из-за чего «Бешикташ» отказался от варианта с покупкой Роналдиньо. Президент турецкого клуба, зная о скором завершении контракта игрока, предложил португальцу продлить соглашение. Фернандеш запросил зарплату в 2,5 млн евро, но не нашел понимания у руководства, которое поднимало планку не выше 2,2 млн. Переговоры продолжались до декабря, но безрезультатно. Затем на авансцену вышел «Локомотив».

В декабре, во время одного из матчей турецкой лиги «Касымпаша» - «Бешикташ», на Фернандеша напал болельщик, выбежавший на поле. По мнению экспертов, именно это событие стало отправной точкой окончательного решения португальца покинуть Турцию. Месяц спустя «Бешикташу» позвонили из России. «Локо» предложил 10 миллионов за немедленный переход футболиста, и это несмотря на то, что через полгода контракт Фернандеша истекал. Но руководство и Билич настолько хотели удержать игрока у себя, что отказались и от такого предложения.

Так или иначе, Биличу не удалось решить эту проблему, убедить португальца остаться. Мануэл провел еще две игры, с «Газиантепспором» и «Кайсери Эрджиесспором» и отметился одним голом в чужие ворота. В феврале, в матче против «Галатасарая» Фернандеш вышел на замену и получил травму лодыжки. Игрок уехал на лечение в Португалию, причем, не согласовав свое пребывание там с клубом. Видимо, на тот момент предварительный контракт с «Локо» был уже подписан. С тех пор полузащитник больше за турецкий клуб не играл.

По информации крупнейшей спортивной газеты Турции, Фернандеш подписал с «Локомотивом» контракт на пять лет с ежегодной зарплатой в €3,5 млн.