Футбольный клуб «Зестафони» основан 18 июня 2004 года по инициативе акционеров АО «Ферро» (Зестафонский ферросплавный завод имени Георгия Николадзе) . В августе того же года главная команда клуба включается в число участников 16-ого чемпионата Грузии среди команд высшей лиги.