Сборную СССР Бышовец принял в 1990 году из рук Валерия Лобановского. В 1992 году в финальной части чемпионата Европы в Швеции сборная СНГ (так называлась объединенная команда), сыграв вничью с голландцами и немцами, неожиданно проиграла команде Шотландии 0:3 - и выбыла из дальнейшей борьбы. Я был тогда в Швеции в роли телекомментатора и прекрасно помню причину размолвки, из-за которой долгие последующие годы Бышовец не получал место работы в российских командах. Перед самым стартом игр в Швеции футболистам сборной был представлен спонсор - некий немецкий господин, владелец молочной компании. В те переходные дни от развитого социализма к сомнительному капитализму все россияне боялись потерять свой куш. Футболисты не были исключением. И вместе с тренером поставили условия перед руководителями федерации Вячеславом Колосковым и Александром Тукмановым, чтобы за надпись на футболках немецкой фирмы они тоже получали бы вознаграждение. То есть игроки, не имея тогда четких контрактов, хотели участвовать и в «серых» схемах дележа рекламных денег. В сложившейся конфликтной ситуации Бышовец однозначно стал на стороне команды. Дело дошло до гласных взаимных обвинений. И если бы тогда команда Бышовца прошла шотландцев, выйдя в полуфинал, то руководство федерации могло потерять свои места. Неожиданное поражение упростило ситуацию для Колоскова: лишился места главный тренер. Но состояние войны и личной неприязни осталось.
Более того, оно нарастало. Когда в сборную пришел Павел Садырин, появилось известное письмо игроков, опять же недовольных рекламной политикой. Причем, что редко бывает, футболисты просили возвратить Бышовца. Уже после стало ясно, что вся комбинация с использованием фамилий бывшего тренера, было на самом деле в пользу Олега Романцева. В 1994 году именно он возглавил сборную, после отставки Садырина. Однако Колосков, имевший большое влияние на назначение главных тренеров, заподозрил причину «народного» волнения именно в действиях Бышовца и негласно рекомендовал руководству российских клубов не доверять ему команду. В результате почти 5 лет автор последней олимпийской победы отечественного футбола (Сеул, 1988 г.) оставался не при деле.
Лишь катастрофическая ситуация, сложившаяся в «Зените» в конце 1996 года, нарушила табу. Напомним, тогда после увольнения Павла Садырина в Санкт-Петербурге стали срочно искать тренера, а Юрий Морозов наотрез отказался идти на место своего ученика - поступок благородный! Ради исторической достоверности замечу, что Мутко, в те годы возглавлявшему клуб, предложили пригласить Анатолия Бышовца судья Сергей Хусаинов и директор школы «Зенит» Евгений Шейнин. Виталий Леонтьевич, вопреки мнению Колоскова, пригласил опального наставника на работу. Через год «Зенит» вышел в лидеры чемпионата России, а Бышовец вопреки желанию президента федерации вновь получил назначение в сборную. Правда, бремени совместительства Анатолий Федорович не выдержал и, воспользовавшись первыми неудачами сборной, Колосков вновь отстранил его от руководства командой…
После очередного хождения в сборную почти десять лет Анатолий Федорович мог исполнять лишь эпизодическую роль спасателя в той или иной команде («Анжи», «Томь»). И вот, наконец, самостоятельная работа в «Локомотиве». И сразу, после всего трех месяцев работы, успех в Кубке России. Но, может, самое главное - это постановка в команде современной, скоростной, комбинационной игры. Вновь, как в лучшую пору заблистали Динияр Билялетдинов и Дмитрий Сычев, заметными стали Роман Концедалов, Сергей Ефимов - упоминаю умышленно только россиян, ибо это будущие кандидаты в сборную страны. Кроме кубкового успеха в мае железнодорожники в трех матчах чемпионата набрали семь очков, и только пропущенный матч помешал им показать лучший результат месяца. Статистические показатели только подтверждают, что «Локомотив» под руководством нового машиниста движется в правильном направлении и с курьерской скоростью.