27 мая 2007 года «Локомотив» выиграл свой пятый Кубок России.
В розыгрыше Кубка России-2006/2007 принимало участие 119 команд. Турнир начался со стадии 1/512, при этом с 1/16 финала победитель определялся по итогам двух матчей. Именно на этой стадии в борьбу вступил «Локомотив».
Соперником красно-зеленых стал махачкалинский «Анжи». В первой игре «Локомотив» победил 4:2, вторая закончилась вничью 1:1. Из 1/16 финала «железнодорожники» шагнули сразу в четвертьфинал, так как соперник по следующему раунду - махачкалинское «Динамо» - не сумело пройти аттестацию.
Зато начиная с четвертьфинала «Локомотиву» пришлось биться исключительно в дерби. Сначала на пути «железнодорожников» встало «Динамо». Победив в первом матче 1:0, бело-голубые капитулировали в ответном – 0:4. В полуфинале соперником «Локомотива» был «Спартак». Исход противостояния предопределил разгром в первом матче – 3:0. Но и второй «железнодорожники» также выиграли – 2:1.
В финале «Локомотив» встретился с ФК «Москва». О событиях того дня в фильме «Локо-ТВ» рассказывают главные действующие лица.
Кубок России-2006/2007. Финал
ФК «Москва» - «Локомотив» - 0:1 д.в Гол: О’Коннор, 102