1. Победитель пары «Волга» Тверь-«МВД России» Москва – «Рубин» Казань
2. Победитель пары «Торпедо –ЗИЛ» Москва- «Балтика» Калининград – «Химки»
3. Победитель пары «Торпедо» Владимир – «Шинник» Ярославль – «Зенит» Санкт-Петербург
4. Победитель пары «Нижний Новгород» - «Сатурн-2» - «Спартак» Нальчик
5. Победитель пары «Витязь» Подольск – «Авангард» Курск – «Амкар» Пермь
6. Победитель пары «Авангард» Подольск – «Металлург» Липецк – «Ростов»
7. Победитель пары «Краснодар» - «Черноморец» Новороссийск – «Спартак» Москва
8. Победитель пары «Волгоград» - «Салют-Энергия» Белгород – «Москва»
9. Победитель пары «Волгарь – Газпром-2» Астрахань – «Жемчужина» Сочи – «Динамо» Москва
10. Победитель пары «Анжи» Махачкала – «Алания» Владикавказ – «Томь» Томск
11. Победитель пары «Челябинск» – «КАМАЗ» Набережные Челны – «Крылья Советов» Самара
12. Победитель пары «Волга» Нижний Новгород – «Мордовия» Саранск – «Терек» Грозный
13. Победитель пары «Урал» Свердловская обл. – «Носта» Новотроицк – ЦСКА Москва
14. Победитель пары «Динамо» Барнаул – «Сибирь» Новосибирск – «Кубань» Краснодар
16. Победитель пары «Амур» Благовещенск – «Луч-Энергия» Владивосток – «Сатурн» Московская область

Своих соперников клубы Премьер-Лиги узнают 1 июля, когда состоятся матчи 1/32 финала Кубка России. Стоит отметить, что согласно регламенту, на стадии 1/16 финала клубы Премьер-Лиги сыграют на выезде.