Последним местом его карьеры стал клуб второй лиги «Знамя» из Ногинска. За него Шишкин играл еще в 2022 году.

«Я сейчас отдыхаю от футбола, и вы первый человек, которому это говорю официально: я закончил карьеру игрока», — заявил Шишкин.

При этом он не исключил, что может возобновить выступление на профессиональном уровне в будущем.

«Может быть, настанет день, когда возобновлю ее. Жизнь такая, что сегодня так, завтра так. Пока я выступаю за [любительскую] команду «Наши парни» в Медиалиге», — сказал он.

Уроженец Воронежа Роман Шишкин был одной из главных российских звезд РПЛ конца 2000-х — первой половины 2010-х годов. В 14 лет он перешел из школы родного «Факела» в школу московского «Спартака», за основной состав которого дебютировал в 2004 году. Выступал за красно-белых до лета 2010 года с перерывом на 2009 год, когда уходил в аренду в самарские «Крылья Советов».

В составе красно-белых дважды становился серебряным призером чемпионата России (2006, 2007). В марте 2007 года в 20-летнем возрасте дебютировал за сборную России в отборочном матче чемпионата Европы – 2008 против Эстонии.

Летом 2010 года перешел в московский «Локомотив». Играл за него до 2017 года, выиграв бронзу чемпионата России – 2014 и Кубок России – 2015. В 2017–2019 годах выступал за «Краснодар», первую половину 2019 года провел в «Крыльях Советов».

Затем год играл в первой лиге за московские «Торпедо» и «Спартак-2», а в 2020–2022 годах выступал за ногинское «Знамя», тренером-аналитиком которого сейчас является.

В сборной России в 2007–2017 годах провел 16 матчей.